A pesar de que la mayoría de diputados votaron a favor (107 de los 128) hubo una parte de la oposición, el Partido Liberal que dirige Luis Zelaya y el Partido Innovación y Unidad (PINU) que se negaron a aprobarlas. Ambas partes argumentan que lo que sucedió fue un pacto para repartir cargos y que las reformas no son estructurales, por lo que no garantizan transparencia en los próximos procesos electorales, pero además denuncian que hubo un consenso entre los demás partidos, que incluyen la eliminación de la Unidad de Política Limpia y la no renovación al acuerdo que termina este año y que ha mantenido una Misión de Apoyo Contra la Corrupción e Impunidad en Honduras (MACCIH). La Maccih con la Unidad Fiscal Especial contra la Impunidad y la Corrupción (UFECIC) han destapado redes de corrupción que señalan a diputados de este Congreso Nacional.